Amonia merupakan gas buangan terlarut hasil metabolisme ikan oleh perombakan protein, baik dari kotoran ikan sendiri maupun sisa pakan. Sisa ppakan biasanya akan membusuk dan meningkatkan kadar amonia.
Secara kimia, amonia terdiri dari dua bentuk, yaitu unionized ammonia (UIA)/NH3 dan ionized ammonia (IA)/NH4+. Bila kadar UIA dalam air tinggi maka ikan bisa mabuk atau keracunan. Sebaliknya, IA kurang kuat daya racunnya.
Nitirit (NO2) merupakan gas sangat beracun bagi ikan. Nitrit ini sebagai hasil perombakan protein yang merupakan ikutan dari amonia. Pada air kotor karena terlalu banyak ikan, biasanya kadar nitiritnya tinggi. KAndungan amonia dan nitrit dapat dikurangi ataupun dihilangkan dengan cara penggantian air, pemberian aerasi, penguapan maupun reaksi kimia dengan oksigen.
Reaksi amonia dan oksigen umumnya terjadi karena dibantu oleh bakteri Nitrosomonas sp sehingga menjadi bentuk nitrat (NO3) yang tidak beracun. Bakteri Nitrosomonas sp akan tumbuh sendiri dan berkumpul serta berkoloni pada dinding bak atau akuarium bila lama digunakan.
