Karbondioksida (CO2) merupakan hasil buangan dari semua jasad pada proses pernapasan. Dalam jumlah tertentu, gas ini dapat meracuni ikan. Biasanya ikan yang mempunyai naluri kuat akan menghindari daerah atau habitat yang kadar karbondioksidanya tinggi.
Hal ini dapat diperhatikan ari tingkah laku ikan yang seolah-olah ingin keluar dari habitat yang kadar karbondioksidanya tinggi. Kadar karbondioksida ini pun mempengaruhi pH air menjadi asam.